一、食品機械在歐盟進行CE認證時主要依據以下指令：

1. 機械指令 (Machinery Directive)：2006/42/EC。這是歐盟對機械設備及其安全部件在歐洲市場銷售的基本法規，確保機械設備的安全性、健康與環保要求，并為市場準入提供統一的框架。

2. 低電壓指令 (Low Voltage Directive)：2006/95/EC。該指令規定了電氣設備的安全標準，以確保在電壓不超過特定值的情況下，設備的安全性。

3. 電磁兼容指令 (Electromagnetic Compatibility Directive)：2004/108/EC。此指令要求設備在電磁環境中的正常運作，且不對其他設備產生不適當的電磁干擾。

二、食品機械CE認證的流程通常包括以下幾個步驟：

1. 項目申請：企業向檢測機構遞交CE認證申請。

2. 資料準備：根據CE認證的要求，企業準備好相關的認證文件，包括產品說明書、產品信息等。

3. 產品測試：企業將待測樣品寄到實驗室進行測試，測試可能涵蓋電氣安全性、機械安全性、衛生和衛生要求等方面。

4. 編制報告：認證工程師根據合格的檢測數據，編寫技術文件和測試報告。

5. 遞交審核：工程師將完整的報告進行審核，確保所有測試結果符合CE認證的要求。

6. 簽發證書：報告審核無誤后，頒發CE認證證書。

此外，辦理食品加工機械CE認證時，還需要注意以下幾點：

- 確定適用的CE標準，包括機械指令2006/42/EC、低電壓指令2006/95/EC和電磁兼容指令2004/108/EC。

- 產品的旋轉部件應當處于封閉的環境中并配備互鎖裝置，如攪拌葉輪上面應配備蓋并能保證蓋打開時葉輪停止運轉。

- 生產線應當配備多個急停按鈕或者配備緊急拉線開關。

- 若盛料設備離地面高度超過1600mm而需要對料進行檢測，應當配備指示裝置（如加刻度，讀數計等）。

- 確保設備清洗無死角并保證清潔后的污水方便排成不殘留。

以上步驟和注意事項是食品機械CE認證的基本流程和要求，確保產品符合歐盟的安全和衛生標準。